Die Medizinische Klinik II am Bergmannsheil ist zusammen mit der Herzchirurgie und den kardiologischen Kliniken anderer Krankenhäuser Teil des Herzzentrums der Ruhr-Universität Bochum. Die Klinik verfügt über 60 kardiologische Betten, teilweise ausgestattet mit telemetrischer Rhythmus-Überwachung, eine große Intermediate Care Station, einen modernen Funktionstrakt und zwei Herzkatheterlabore. Es besteht ein 24h-Rufbereitschaft für Herz-Notfälle.

Klinische Schwerpunkte der Klinik sind die Behandlung von Patienten mit einem akuten Herzinfarkt, die Abklärung und Behandlung von Patienten mit einer koronaren Herzkrankheit, und die Abklärung und Behandlung von malignen Herzrhythmusstörungen (inclusive Implantationen von automatischen Defibrillatoren). Besondere Schwerpunkte sind die interventionelle Rhythmologie (z. B. die 3D-unterstützte Ablation von Vorhofflimmern) als auch die Resynchronisationstherapie bei Patienten mit schwerer Herzinsuffizienz (Implantation von 3-Kammer-Schrittmachern).

In den Räumen der Aufnahmestation ist die im Jahr 2007 gegründete „chest pain unit” („Brustschmerzzentrum”) untergebracht, die über 4 zusätzliche Überwachungsbetten verfügt. Diese Einrichtung dient der raschen Versorgung von Patienten mit unklaren Brustschmerzen. Die Patienten werden einem festgelegten Untersuchungsschema unterzogen. Ergeben die Untersuchungen keinen Hinweis auf das Vorliegen einer bedrohlichen Erkrankung, können die Patienten ggf. nach einigen Stunden wieder nach Hause entlassen werden. Bei den anderen Patienten wird unverzüglich die notwendige Therapie eingeleitet.

Die kardiologischen Kliniken am Bergmannsheil und St. Josef-Hospital werden zusammen durch Prof. Mügge geleitet. Es besteht eine gemeinsame Fort- und Weiterbildung, die Möglichkeit zur Rotation in der klinischen Ausbildung, sowie eine Reihe von Absprachen in der Notfallbehandlung und in Therapiestandards. Beide Kliniken betreiben gemeinsam ein Forschungslabor für Molekulare Kardiologie.